माना जाता है कि चौखंडी स्तूप को मूल रूप से 7वीं और 8वीं शताब्दी के दौरान सीढ़ीदार मंदिर के रूप में बनाया गया था, यह उस स्थान को चिह्नित करने के लिए था जहाँ बुद्ध और उनके पहले शिष्य बोधगया से सारनाथ की यात्रा करते हुए मिले थे । बाद में राजा टोडरमल के बेटे गोवर्धन ने मुगल शासक हुमायूँ की यात्रा की याद में अष्टकोणीय मीनार का निर्माण करके स्तूप को इसके वर्तमान आकार में संशोधित किया । आज स्तूप एक ऊंचा मिट्टी का टीला है जो ईंटों से बनी इमारत से ढका हुआ है और उसके ऊपर एक अष्टकोणीय मीनार है। इसका रखरखाव भारतीय पुरातत्व सर्वेक्षण द्वारा किया जाता है ।