मुगल आक्रांता औरंगज़ेब ने साल 1669 में काशी के अन्य मंदिरों की तरह इस मंदिर को तोड़कर मस्जिद का निर्माण करा दिया था। तब से लेकर आज तक हिंदू और मुस्लिम पक्ष के बीच लड़ाई चलती आ रही है। हालांकि अब हिंदू आर-पार की लड़ाई के मूड में आ चुके हैं। ज्ञानवापी मस्जिद के खिलाफ मुहिम छेड़ने वाले हिन्दुओं ने ना सिर्फ अब लाट भैरव मस्जिद को लेकर भी अपना दावा मजबूत करना शुरू कर दिया है बल्कि एक बड़े आंदोलन को लेकर तैयारी शुरू कर दी है। इसकी तस्दीक ये तस्वीरें कर रही हैं। इन तस्वीरों में दिख रहे ये वही किरदार हैं, जिन्होंने ज्ञानवापी-श्रृंगार गौरी केस में हिंदुत्व का झंडा बुलंद किया। सुप्रीम कोर्ट के वरिष्ठ अधिवक्ता विष्णु शंकर जैन ने कहा है की आने वाले दिनों में ज्ञानवापी की तर्ज पर लाट भैरव मंदिर की लड़ाई को धार दिया जायेगा।