इस नेपाली मंदिर की कहानी बहुत ही दिलचस्प है और ये आपको सीधे 19वीं सदी के काल में ले जाती है। जैसा कि आपको नाम से ही पता चला रहा है, यह मंदिर नेपाली वास्तुशैली में बना हुआ है। दिलचस्प बात है कि यह वाराणसी के सबसे पुराने शिव मंदिरों में से एक है। मंदिर के प्रमुख देवता शिव भगवान हैं। बहुत पहले नेपाल के राजा राणा बहादुर साहा ने वाराणसी में निर्वासन ले लिया। उन्होंने ही निश्चय किया कि वह नेपाल की राजधानी काठमांडू में स्थापित पशुपतिनाथ मंदिर की ही तरह हूबहू एक शिव मंदिर यहां भी बनवाएंगे। हालांकि उनके निर्वासन के दौरान मंदिर का निर्माण कार्य शुरू तो हो गया पर इसे पूरा होने में पूरे 30 सालों का समय लगा। मंदिर के निर्माण कार्य के दौरान ही राजा राणा बहादुर शाह नेपाल को लौट गए जहां उनकी, उनके सौतेले भाई शेर बहादुर शाह द्वारा चाकू मार कर हत्या कर दी गई। उनकी मृत्यु के बाद मंदिर को उनके पुत्र राजेंद्र बिक्रम साहा ने समय सीमा के 20 साल बाद बनवा कर पूरा किया।